La santé intestinale commence-t-elle par le "sol" ? Les micro-organismes invisibles qui relient le champ, la table et notre corps

Lorsque nous prenons des légumes dans un supermarché, peu d'entre nous imaginent ce qui se passe dans le sol où ces légumes ont poussé. Nous prêtons attention à la couleur, à la forme, au prix, à l'origine, à l'utilisation de pesticides et aux informations nutritionnelles, mais il est difficile de penser à ce qui se passe dans le monde sombre sous nos pieds.

Cependant, le sol n'est pas simplement un "support pour les plantes". C'est un immense écosystème où des bactéries, des champignons, des protozoaires, des nématodes, des acariens et des vers de terre décomposent la matière organique, font circuler les nutriments et échangent des substances avec les racines des plantes. De même, l'intestin humain est un écosystème où des communautés microbiennes, principalement des bactéries, interagissent pour décomposer les aliments, produire des métabolites, maintenir la barrière intestinale et dialoguer avec le système immunitaire.

"Le sol et l'intestin se ressemblent." Cette perspective frappante est devenue un sujet d'intérêt transversal dans les domaines de l'agriculture, de la nutrition, de la microbiologie et des sciences de l'environnement. Cependant, il est important de ne pas s'arrêter à une métaphore romantique. Le sol sain et l'intestin sain sont-ils vraiment liés ? Jusqu'où les recherches ont-elles confirmé cela, et où commencent les hypothèses ? En suivant les réactions sur les réseaux sociaux publics, nous souhaitons clarifier l'état actuel des connaissances.

Le sol et l'intestin ne sont pas des "collections d'individus" mais des réseaux

On ne peut pas diviser les microorganismes du sol en deux catégories : les bons et les mauvais. Un microorganisme décompose les résidus végétaux en petites molécules, que d'autres microorganismes utilisent. Les mycorhizes vivent en symbiose avec les racines des plantes, recevant des composés carbonés en échange de nutriments comme le phosphore et l'eau. Certains microorganismes participent au cycle de l'azote, tandis que d'autres suppriment les agents pathogènes des plantes. Ce qui est crucial, c'est un réseau d'organismes aux fonctions diverses, plutôt qu'une seule "bactérie supérieure".

La situation est similaire dans l'intestin. Les microorganismes fermentent les fibres alimentaires que l'homme ne peut digérer, produisant des acides gras à chaîne courte comme l'acétate, le propionate et le butyrate. Ceux-ci servent de source d'énergie pour les cellules du côlon et agissent comme des signaux pour l'immunité et le métabolisme. Il existe également un "cross-feeding", où les métabolites d'une bactérie sont utilisés par une autre, rendant l'état de l'intestin impossible à expliquer par la présence ou l'absence d'une seule espèce bactérienne.

Cette similarité soutient l'idée que "la diversité est nécessaire tant dans le sol que dans l'intestin". Cependant, les deux écosystèmes ne sont pas identiques. L'oxygène, la température, l'acidité, les nutriments disponibles et la relation avec l'hôte diffèrent considérablement, de sorte que les microorganismes du sol ne s'installent pas nécessairement dans l'intestin pour améliorer la santé. Il est nécessaire de distinguer le fait que "le sol et l'intestin fonctionnent selon des principes similaires" de l'idée que "les bactéries du sol guérissent directement l'intestin".

Le chemin le plus sûr du sol à l'intestin est "la nourriture"

Parmi les voies reliant le sol et l'intestin, celle qui est actuellement la plus compréhensible et applicable est l'alimentation.

Dans un sol sain, la décomposition de la matière organique et la circulation des nutriments fonctionnent, facilitant l'enracinement des plantes. Une bonne structure du sol permet de retenir l'eau tout en évacuant l'excès, augmentant ainsi la résistance à la sécheresse et aux fortes pluies. Les interactions entre les microorganismes et les racines influencent également la croissance des plantes et leur résistance aux maladies. Les légumes, fruits, légumineuses et céréales produits de cette manière nous fournissent non seulement des vitamines et des minéraux, mais aussi des fibres alimentaires, des polyphénols et divers composés qui servent de substrats pour la fermentation.

Pour les bactéries intestinales, il est plus important de recevoir régulièrement une variété d'aliments d'origine végétale que de se concentrer sur un seul aliment "santé". Les céréales complètes, les légumineuses, les légumes, les fruits, les noix et les graines contiennent chacun des fibres alimentaires et des composés végétaux de structures différentes. La diversité des ingrédients offre plusieurs habitats et nourritures aux microorganismes aux capacités métaboliques variées.

Un essai contrôlé randomisé publié dans Nature Medicine en 2025 est intéressant à cet égard. Il a examiné 77 jeunes hommes en bonne santé en Tanzanie, alternant entre un régime traditionnel de la région du Kilimandjaro et un régime occidental, et a étudié les indicateurs immunitaires, inflammatoires et métaboliques. Le groupe qui est passé à un régime traditionnel comprenant des légumes, des légumineuses, des céréales complètes, des fruits et des aliments fermentés a montré des changements favorables dans les indicateurs liés à l'inflammation et au métabolisme. En revanche, le groupe qui est passé à un régime occidental a montré des changements inflammatoires, dont certains ont persisté après la fin de l'intervention.

Cette étude n'a pas prouvé que "des microorganismes spécifiques du sol ont migré vers l'intestin humain". Cependant, elle a montré qu'un régime alimentaire riche en aliments d'origine végétale, issu de la terre et de la culture alimentaire locale, peut affecter le système immunitaire et métabolique humain même à court terme. Les effets bénéfiques sur la santé du sol à l'homme apparaissent d'abord à travers la composition des cultures et de l'alimentation - c'est ce qui semble fidèle aux preuves actuelles.

Que peut-on apprendre en enterrant des sous-vêtements dans le sol ?

Les fonctions du sol sont difficiles à voir. C'est pourquoi des chercheurs suisses ont choisi une méthode très visible. Environ 1000 citoyens ont enterré plus de 2000 sous-vêtements en coton et environ 12 000 sachets de thé dans divers sols.

Le coton est principalement composé de cellulose. Si les microorganismes et les petits animaux du sol sont actifs, le tissu se décompose avec le temps. En déterrant les sous-vêtements après une certaine période et en examinant la quantité de tissu perdue, on peut comparer intuitivement l'activité biologique du sol. Les sachets de thé ont également été utilisés comme matériau standardisé pour mesurer la vitesse de décomposition de la matière organique.

Les résultats ont montré que l'utilisation et la gestion des terres sont fortement liées au degré de décomposition. Dans les jardins privés, la décomposition était rapide, tandis que dans les pelouses, elle était faible. Cependant, on ne peut pas conclure simplement que "plus la décomposition est rapide, meilleur est le sol". La vitesse de décomposition dépend également de la température, de l'humidité, du type de sol, de l'état nutritionnel et de la végétation, et dans les écosystèmes naturels, un excès de nutriments peut indiquer d'autres problèmes.

La valeur de cette expérience réside non seulement dans l'invention d'un diagnostic de santé universel, mais aussi dans le fait qu'elle a permis aux citoyens de vérifier par eux-mêmes l'activité des organismes du sol, généralement invisible. Un sous-vêtement troué déterré du sol transmet instantanément le sens, bien plus que le terme abstrait "activité biologique du sol". C'était aussi un excellent design pour relier la science et la société.

Sur les réseaux sociaux, "la surprise et le rire" ont ouvert la voie vers le sol

En examinant les publications connexes sur les réseaux sociaux publics, l'expérience suisse des sous-vêtements a été présentée à plusieurs reprises dans des vidéos sur Instagram. L'aspect inattendu de "pourquoi les scientifiques ont enterré des sous-vêtements" a servi de crochet puissant, conduisant les spectateurs à des explications sur les décomposeurs et l'activité biologique du sol. Contrairement aux nouvelles scientifiques habituelles, le rire et la surprise précèdent les termes techniques difficiles. Cela permet de toucher un public qui ne suit généralement pas les recherches sur le sol.

D'autre part, sur X et YouTube, des messages tels que "la santé intestinale commence dans le sol" et "le sol et le microbiome intestinal sont connectés" sont fréquents. De nombreuses publications relient le sujet à des pratiques de vie et d'agriculture, telles que l'agriculture régénérative, le compostage, la diversité des aliments d'origine végétale et les aliments fermentés. Il y a un mouvement pour reconsidérer la conservation des sols non seulement comme une question de changement climatique ou de rendement, mais aussi comme une question de santé personnelle et familiale.

Cependant, on ne peut pas considérer cette réaction comme "l'opinion générale des utilisateurs de réseaux sociaux". Les publications publiques trouvées par recherche sont biaisées vers des groupes ou des individus actifs dans la diffusion, ou des vidéos amplifiées par des algorithmes. De plus, bien que des phrases courtes comme "si le sol est sain, les gens le sont aussi" soient faciles à partager, elles peuvent ignorer des relations causales complexes. Toucher le sol naturel n'améliore pas nécessairement le microbiome intestinal, il n'est pas préférable de ne pas laver les légumes avec de la terre, et il n'est pas possible de tirer des conclusions telles que prendre un produit bactérien spécifique est suffisant. En raison des risques de pathogènes, de parasites, de métaux lourds et de pesticides, les légumes doivent être lavés correctement et les règles d'hygiène respectées.

Le rôle des réseaux sociaux n'est pas de fournir une conclusion finale, mais de créer une entrée pour s'intéresser aux écosystèmes sous nos pieds. La diffusion de l'expérience des sous-vêtements a montré une grande efficacité en tant que telle entrée.

Jusqu'où en sait-on sur la relation entre "le contact avec le sol" et l'immunité ?

En dehors de l'alimentation, l'attention se porte sur le contact avec les microorganismes de l'environnement naturel. L'"hypothèse de la biodiversité" suggère que l'urbanisation et la réduction des environnements naturels diminuent le contact avec les microorganismes environnementaux, ce qui pourrait affecter le microbiome humain et la régulation immunitaire. Des études montrent également des liens entre des environnements riches en espaces verts, la vie rurale, le contact avec les animaux et l'état allergique ou immunitaire.

Cependant, il faut être prudent ici aussi. Les personnes en contact avec la nature diffèrent à bien des égards, notamment en termes d'alimentation, d'exercice, de revenu, d'environnement de vie, d'utilisation d'antibiotiques et de possession d'animaux de compagnie. Même si une association est trouvée dans des études d'observation, cela ne signifie pas que les microorganismes du sol en sont la seule cause. Il n'y a pas de réponse unique quant à quels microorganismes, quand et dans quelle mesure le contact est bénéfique.

Passer du temps dans les jardins ou les forêts présente d'autres avantages, tels que l'activité physique, la réduction du stress, l'exposition au soleil et la participation sociale. Par conséquent, au lieu de "manger de la terre pour renforcer l'immunité", il est plus réaliste d'augmenter les opportunités de contact sûr avec la nature et de bénéficier de ses avantages globaux.

La dégradation des sols est à la fois un problème alimentaire et de santé

La majeure partie de l'alimentation mondiale dépend du sol. Pourtant, les agences des Nations Unies ont averti que jusqu'à 40 % des terres mondiales sont dégradées. L'érosion, la salinisation, la compaction, la diminution de la matière organique, la pollution, le surpâturage, la monoculture, la déforestation, l'urbanisation et le changement climatique se chevauchent de manière complexe.

Si la dégradation des sols progresse, ce n'est pas seulement le rendement qui diminue. La capacité à retenir l'eau s'affaiblit, rendant les terres plus vulnérables aux sécheresses et aux inondations. La diminution du carbone organique du sol est également liée au changement climatique, et la biodiversité terrestre et souterraine est compromise. Les agriculteurs peuvent être contraints de dépendre davantage des intrants externes comme les engrais et les pesticides, ce qui augmente les coûts de production et l'impact environnemental.

De plus, si les prix des aliments et leur accessibilité changent, les régimes alimentaires peuvent pencher vers des aliments ultra-transformés bon marché et à longue conservation. Si l'accès à des aliments frais et variés d'origine végétale devient inégal, cela peut avoir des effets indirects sur le microbiome intestinal et le risque de maladies chroniques. Ainsi, la relation entre le sol et l'intestin ne concerne pas seulement les microorganismes. C'est aussi une question de "système alimentaire", incluant les politiques agricoles, la distribution, le revenu et la culture alimentaire locale.

Que peut changer l'agriculture qui protège le sol ?

Les pratiques pour protéger le sol incluent la rotation des cultures, les cultures de couverture, le retour de la matière organique par le compost, la réduction du labour, la gestion appropriée des prairies, l'agroforesterie et la préservation des habitats dans les terres agricoles. L'objectif n'est pas d'adopter un nom de méthode agricole à la mode, mais de réduire le temps où le sol est nu, de garder les racines vivantes le plus longtemps possible, de combiner diverses plantes et de limiter l'érosion et les intrants excessifs.

Cependant, les effets varient selon le climat, le sol, les cultures et l'échelle de l'exploitation. Par exemple, réduire le labour peut augmenter la dépendance aux herbicides pour la gestion des mauvaises herbes, créant ainsi d'autres problèmes. Les engrais organiques, s'ils sont utilisés en excès, peuvent également entraîner une pollution de l'eau. Il est nécessaire d'évaluer avec plusieurs indicateurs, tels que la matière organique du sol, la perméabilité, l'activité biologique, le rendement, les intrants, les gaz à effet de serre et la biodiversité, plutôt que de juger avec une seule étiquette de bon ou mauvais.

L'expérience des sous-vêtements en Suisse a également montré que les différences d'utilisation et de gestion des terres se reflètent dans l'activité souterraine. Mesurer les changements invisibles, essayer des méthodes adaptées aux conditions locales et ajuster à long terme. La régénération des sols n'est pas une mesure ponctuelle, mais une gestion continue.

Ce que nous pouvons faire dès aujourd'hui

Les consommateurs ne peuvent pas gérer directement la composition des microorganismes du sol. Cependant, il y a des actions possibles à travers nos choix alimentaires et d'achat.

Premièrement, pour le microbiome intestinal, il est préférable d'augmenter la variété des aliments d'origine végétale plutôt que de se concentrer sur un "super-aliment" spécifique. Combinez sans effort des légumes, des fruits, des légumineuses, des céréales complètes, des champignons, des algues, des noix et des graines en fonction de votre état de santé et de vos maladies chroniques. Les aliments fermentés sont également une option, mais ils ne déterminent pas à eux seuls l'environnement intestinal.

Deuxièmement